Ledock下载 1.0 官方版

在前期的介绍中，小编分别为大家介绍了分子对接的案例以及适用范围，看完之后是不是跃跃欲试呢？那么，在本期中，小编将为大家介绍一款常用分子对接软件的使用！

分子对接（molecular docking）依据配体与受体作用的“锁-钥原理”(lock and key principle)，模拟小分子配体与受体生物大分子相互作用。配体与受体相互作用是分子识别的过程，主要包括静电作用、氢键作用、疏水作用、范德华作用等。通过计算，可以预测两者间的结合模式和亲和力，从而进行药物的虚拟筛选。

考虑到大家为首次接触分子对接软件的操作，因此本教程选取了操作十分便捷的分子对接软件——LeDock1，并以神经氨酸苷酶（neuraminidase）为例，来介绍其使用。选取的蛋白配体复合物晶体结构文件为3cl0，可从PDB数据库上下载：http://www.rcsb.org，亦可在我们分享的网盘中获取。

软件界面

LeDock共含有2个标签，分别为LePro与LeDock。其中，LePro用于蛋白的处理（如删去蛋白中的水分子、离子、金属、配体、辅因子等），并会生成用于下一步分子对接的in文件，而LeDock则是在各项参数确定了之后进行分子对接。

软件操作

一、蛋白准备

在LePro标签的Protein input中选择3cl0.pdb的路径（注意路径中不能含有中文），然后软件会自动在选择在该路径下生成pro.pdb（处理过后的蛋白的pdb文件）及dock.in（用于下步分子对接的参数文件），点击Add Hydrogen，上述2个文件就会立马生成。

dock.in文件包括了均方根偏差（RMSD），Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示对接出来的构象聚类时RMSD的截断值；Binding pocket表示结合位点的3维坐标，分别为xmin xmax，yminymax，zmin zmax；Numberof binding poses表示生成的构象个数，经聚类后产生的构象数会少于之前所生成的数目。

二、分子对接

在LeDock标签的Protein input，Docking input中分别指定上一步生成的pro.pdb与dock.in文件的路径，在Ligand input中指定需要进行对接的配体——lig.mol2的路径（该路径需和前两个文件的路径相同，且对接的分子需要为mol2格式）。比较后，点击Start docking，会生成lig.dok文件（对接产生的化合物构象所在文件），该文件可用Pymol来观察化合物的构象。

三、Pymol的使用

打开Pymol，选择菜单栏中的File>Open...，在文件类型中选择ALL Files，再找到lig.dok的文件，双击打开，即可查看生成的化合物的构象。

若要查看其与蛋白结合的情况，可再按上述方法打开pro.pdb文件，再在图形界面的pro栏中点击S>as>cartoon，即可以cartoon的模式来显示蛋白以得到更为清楚的图像。

若要比较对接的精度，可以打开3CL0.pdb文件，该晶体文件中本身便有配体，而我们也正是使用该配体进行重对接，来评估对接的精度，在3CL0栏中点击A>preset>ligand sites>cartoon，即可查看到晶体中的配体与蛋白的相互作用模式，再将生成的构象与其比较即可判断对接的精度。（注意：生成的构象为lines的显示模式，且含有氢，而晶体结构中的配体不含氢，且此时其为sticks模式，为更好地观察，可进行下述操作：分别在生成的构象对应的栏中选择S>as>sticks，再在3CL0栏中选择A>hydrogens>add即可）。图2即为晶体结构中的配体构象与对接后打分比较高的配体构象，两者是不是非常接近呢！

文件信息

文件大小：701952 字节
MD5：407A739622A40984673F5B6BCD4D1735
SHA1：F57C029D0BD761A7FD3FECE9A6E68087D6D1AFA9
CRC32：53CCE558

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